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该《规划》主要明确了“十三五”时期科技创新的总体思路、发展目标、主要任务和重大举措，内容共分8篇（27章），具体如下：
《规划》第二章提出，到2020年，国家综合创新能力世界排名进入前15位，迈进创新型国家行列；科技进步贡献率从2015年的55.3％提高到60％；知识密集型服务业增加值占国内生产总值的比重达到20％，《专利合作条约》（PCT）专利申请量较2015年翻一番，全社会研发投入强度达2.5％。
值得注意的是，《规划》多章节内容与生物医药相关，涉及了免疫治疗、基因治疗、细胞治疗、干细胞与再生医学、基因组学、基因编辑技术、结构生物学、精准医疗、生殖健康及出生缺陷防控、体外诊断、疫苗、抗体、结构生物学、人体微生物组等多个热门领域。以下摘选《规划》中相关具体内容：
