便秘是大肠水疗最重要的适应症之一。所谓便秘就是粪便在大肠内挤压成块，硬结，从而排出困难。医学家认为便秘乃百病之源。
研究证明大肠癌发病率与便秘有正相关关系。老年斑发病及肥胖症也与便秘有关。除了粪便长期存在于大肠内对人体其它器官的影响之外，便秘本身也影响大肠的生理功能，使大肠粘膜表面形成一硬结，从而影响结肠上皮细胞分泌粘液。由于粘液可以保护结肠上皮，润滑粪便，有利于粪便排出，粘液分泌的减少更加重了便秘，形成恶性循环。有些病人还因便秘引起肠梗阻，严重时需要手术治疗。
大肠水疗治疗便秘是无副作用的。通过一定疗程的结肠水疗，除了彻底软化清除布满整个大肠内的硬结大便外，还可以软化清除肠粘膜表面的硬结层，恢复肠粘膜的分泌，促进结肠的蠕动，从而恢复正常排便功能，达到彻底的治疗目的。
