当肛瘘感染化脓时，可借用消毒的针头挑破外口，清除脓液，既可缓解胀痛，又能预防脓液向其它部位蔓延。局部可常用清热解毒的中草药，煎汤外洗。
当脓汁外溢，肛门部潮湿不舒适时，要自我注意肛门部的清洁卫生，应经常用温盐水坐浴泡洗肛门，亦可选用明矾水外洗，或用1：5000高锰酸钾溶液清洗局部，至少每晚清洗一次，既可清理局部卫生，又可改善局部的血液循环，增强对疾病的抵抗力，减轻炎症的反应。
当肛瘘的分泌物增多时，内裤要勤洗勤换、暴晒灭菌，亦可用肛门带保护肛门，以免过多污染内裤。肛门带也要勤换洗，不要让脓液、分泌物积留患部。
