现代医学认为直肠脱垂发病原因如下：
(1) 发育不全因素：骶骨发育尚未成熟的小儿或发育有缺陷的成年人，骶骨向前弯曲角度小，发育平直，直肠呈垂状走行，膀胱或子宫陷窝的位置较高，直肠后面失去了骶骨曲面的承托作用，增加腹内压时容易向下移位。
(2) 物理性因素：由于种种原因造成持续性腹腔内高压，致使直肠周围或盆底部的肌肉群、韧带、筋膜等支持组织不能承受而发生松弛。如尿道狭窄、膀胱结石、前列腺肥大等并发的排尿困难，重体力劳动，顽固性便秘，慢性腹泻，多胎产妇等易促使直肠向下脱垂。
(3) 病理性因素：这是在临床上为最多见的发病原因，从某种意义上来说，脱肛是一种并发症或继发性疾病。如患有慢性消耗性疾病或吸收障碍，营养不良，患有内痔、直肠息肉、肿瘤长期隆出肠壁、年老体质虚弱、腰骶神经损伤，易使骨盆肌肉群与肛门括约肌衰退、松弛无力，失去对肛管、直肠的承托作用，直肠粘膜下层组织疏松，粘膜层与肌层失去粘连固定作用，造成直肠粘膜向下滑脱移位。
